復旦大學出版社成立于1980年，2009年改為復旦大學出版社有限公司，系國家教育部主管、復旦大學主辦的綜合性大學出版社。

復旦大學出版社有限公司現設人文編輯部、社科編輯部、理科編輯部、經濟管理分社、醫學分社、外語分社、學前教育分社、南懷瑾項目組、社會讀物項目組、現代學徒制教材項目組、質檢中心、校對室、版權部、法務部、裝幀設計部、出版部、宣傳策劃部、營銷部、院校合作部、社辦公室、總編辦、財務部等機構，下轄上海復旦大學電子音像出版社有限公司、上海復旦經世書局兩家獨立核算機構。

復旦大學出版社有限公司系全國百佳圖書出版單位、國家一級出版社，在國內出版界和大學出版社集群中有著重要的影響力。定位于原創性學術著作和高校優秀教材出版，強調出版社尤其是大學出版社應該承擔起主體出版的重任，堅持大學出版為大學教學與科研服務的宗旨，強化學術出版功能，為繁榮學術和優秀文化的傳承做出貢獻。建社至今，有370余種圖書獲得包括中國圖書獎、國家圖書獎、中華優秀出版物獎、中國出版政府獎以及教育部中國高校人文社會科學研究優秀成果獎在內的各種獎勵近千項。在全國大學出版社中，無論獲獎等級還是獲獎數量和比例，均位居前列。

復旦大學出版社成立于1981年，2001年，與上海醫科大學出版社兩社合并，成立新的復旦大學出版社，下轄二級社復旦大學電子音像出版社。